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Peter Ernst Thomann leitete das Institut für Labortierkunde und war massgeblich an der Ausarbeitung der Ethischen Grundsätze und Richtlinien für wissenschaftliche Tierversuche verantwortlich.
Prof. Dr. Thomann wurde auf den 1. Mai 1983 zum Extraordinarius für Labortierkunde an der Veterinärmedizinischen Fakultät der Universität gewählt. 1991 folgte die Wahl zum Ordinarius für Labortierkunde.
1988 wurde die Abteilung Labortierkunde des Instituts für Zuchthygiene an der Veterinärmedizinischen Fakultät der Universität zu einem Institut für Labortierkunde verselbständigt. Prof. Dr. Peter Ernst Thomann wurde auf den 1. Oktober 1988 zum Direktor des Instituts für Labortierkunde gewählt und nahm in der Folge die Funktion des Institutsdirektors bis zu seinem Altersrücktritt wahr.
Die Anforderungen an die Qualität der Labortiere, die für Versuche mit medizinischer Fragestellung benötigt werden, wurden von ihm nach neuesten Forschungserkenntnissen umgesetzt. Zudem war er nicht nur für Zucht und Haltung der Labortiere für die UZH verantwortlich, er engagierte sich auch in der Ausbildung der Studierenden an der damaligen Veterinär-medizinischen Fakultät, bildete Tierpfleger aus, setzte sich für den Tierschutz ein und leitete Forschungsprojekte.
Als Präsident der Ethik-Kommission für Tierversuche der Schweizerischen Akademie der Medizinischen Wissenschaften und der Schweizerischen Akademie der Naturwissenschaften war Prof. Thomann massgeblich an der Ausarbeitung der ethischen Grundsätze und Richtlinien für wissenschaftliche Tierversuche verantwortlich.
Er sorgte auch dafür, dass es zu einem Zusammenschluss aller eigenständigen Tierhaltungen der UZH kam und somit zur koordinierten Tierhaltung.